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株式の販売は、「有価証券等の譲渡」に該当するため、消費税の取扱いとしては 非課税取引に該当します。
ただし、個人事業者が行う株式の販売については、それが事業として行われたものかどうかの判定を行う必要があります。 消費税においては、事業者が「事業」として行う財貨・サービスの提供を課税対象としていますが、この場合の「事業」とは、「同種の行為を反復、継続かつ独立して遂行すること」をいいます。
株式の売買を事業としているものは別として、本業を有する個人事業者が片手間に行う株式の売買は事業として行う資産の譲渡には該当せず、課税の対象とはならないことから消費税の課税売上の分母へ算入する必要はありません。

例えば、飲食業や歯科医師業、小売業などといった業種については、飲食サービス・歯科医療サービス・物品販売が「事業として行う取引」に該当し、それ以外は「事業」には該当しません。よって、これらの事業を営む者にとって、株式の販売は「事業」に該当せず、不課税取引として取り扱われます。
しかし、株式の販売を「反復、継続かつ独立して遂行」している場合には、事業性があるとし、消費税の課税売上割合の分母へ算入となる可能性があります。

なお、非課税取引に該当した場合、課税売上割合の算定には注意が必要です。 株式の売却額における課税売上割合の計算上、非課税売上の金額に含めるべき金額は、売却額の5％のみとなります。
これは、有価証券の売買は、日々取引を行う性質のものなので、取引額が極端に増える可能性があります。そこで取引の特殊性を考慮して、「課税売上割合」が極端に小さくならないような配慮が行われているためです。