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公益財団法人・公益社団法人や一般財団法人・一般社団法人など消費税法別表第3に掲げる法人または人格のない社団についても、事業者免税点制度や簡易課税制度が適用されますが、これらの法人が課税仕入れを行った場合において、その課税期間中に補助金、交付金、寄付金などの資産の譲渡等以外の収入（特定収入）があるときには、仕入控除税額について特例が設けられています。
このときは、通常の計算による仕入控除税額から、特定収入で賄っている課税仕入れ等に係る消費税額に相当する金額を控除した残額が仕入税額の対象となります。
ただし次の計算による特定収入割合が５％以下の時は、通常の計算により仕入税額控除を行います。